フォルダは「ファイルの保存場所」、ファイルセットは「ファイルのカテゴリー」です。
例えば、1つの画像ファイルを複数のページで利用するとします。 このとき、ページごとに使用しているファイルをフォルダ管理している場合、どこのフォルダに保存すれば良いのか悩むことがあるかと思います。
ファイルセットの場合はファイルをカテゴライズするだけでファイルの保存場所は関係ありません。 また、ファイルセットは画像をまとめて表示する等のアドオンでよく使われます。 （表示対象にしたい画像をファイルセットとして関連付ける等）